ATLAS Tutorial: Create A New Cohort Definition

Tóm tắt ngắn:

Video hướng dẫn cách tạo định nghĩa cohort (nhóm đối tượng nghiên cứu) trên nền tảng Atlas.
Các điểm chính bao gồm: xác định các sự kiện nhập cohort (cohort entry events), tiêu chí bao gồm (inclusion criteria), và tiêu chí thoát cohort (cohort exit). Ví dụ cụ thể được sử dụng là tạo cohort những người dùng mới thuốc ức chế men chuyển ACE có tiền sử tăng huyết áp. Công cụ sử dụng là Atlas, dựa trên mô hình dữ liệu OMOP. Các khái niệm như concept set được giải thích.
Ứng dụng: Tạo ra các cohort có thể tái sử dụng cho các phân tích sau này, hỗ trợ nghiên cứu y tế bằng cách phân tích dữ liệu bệnh nhân. Kết quả có thể được xuất ra nhiều định dạng (text, đồ thị, JSON).
Quá trình tạo định nghĩa cohort được trình bày chi tiết, bao gồm việc lựa chọn các sự kiện, đặt điều kiện, và xác định thời gian tham gia/thoát cohort.

Tóm tắt chi tiết:

Video hướng dẫn từng bước cách tạo một định nghĩa cohort trên nền tảng Atlas, tập trung vào ví dụ tạo cohort những người dùng thuốc ức chế men chuyển ACE (ACE inhibitors) mới có tiền sử tăng huyết áp.

Phần 1: Giới thiệu và tạo cohort mới: Video bắt đầu bằng việc giới thiệu chức năng tạo cohort definition trên Atlas. Người dẫn chương trình nhấn mạnh việc tạo một cohort mới bằng cách nhấn nút "New Cohort" và đặt tên cho cohort.

Phần 2: Xác định các tiêu chí: Ba bộ tiêu chí chính được giải thích:

Cohort entry events (Sự kiện nhập cohort): Đây là sự kiện đánh dấu một cá nhân tham gia vào cohort. Trong ví dụ này, đó là sự kiện dùng thuốc ACE inhibitors lần đầu tiên. Người dẫn chương trình chỉ ra cách chọn "Add initial event", chọn domain "Drug", và sử dụng "Import concept set" để chọn tập hợp các khái niệm (concept set) đại diện cho ACE inhibitors. Khái niệm "concept set" được giải thích là một tập hợp các mã thuốc liên quan. Việc thêm thuộc tính (attribute) như "first exposure" để đảm bảo chỉ chọn lần dùng thuốc đầu tiên cũng được minh họa.
Inclusion criteria (Tiêu chí bao gồm): Đây là các điều kiện bổ sung để lọc ra nhóm đối tượng nghiên cứu. Ví dụ, người dùng cần có tiền sử tăng huyết áp (hypertension). Người dẫn chương trình chỉ ra cách thêm tiêu chí bao gồm ("New inclusion criteria"), chọn domain "Condition", và sử dụng "Import concept set" để chọn concept set "hypertensive disorder". Điều kiện thời gian "all time before" được sử dụng để đảm bảo chẩn đoán tăng huyết áp xảy ra trước khi dùng thuốc ACE inhibitors.
Cohort exit (Sự kiện thoát cohort): Đây là sự kiện đánh dấu một cá nhân rời khỏi cohort. Trong ví dụ này, đó là khi người dùng ngừng dùng thuốc ACE inhibitors liên tục. Người dẫn chương trình giải thích các tùy chọn, bao gồm "end of continuous exposure" và cách thiết lập "persistence window" (khoảng thời gian cho phép giữa các lần dùng thuốc vẫn được coi là liên tục).

Phần 3: Lưu, xuất và kiểm tra cohort: Sau khi xác định đầy đủ các tiêu chí, cohort được lưu lại. Video hướng dẫn cách kiểm tra concept sets, tạo cohort trên các nguồn dữ liệu khác nhau ("Generate button"), và xuất kết quả ra nhiều định dạng: mô tả văn bản, biểu đồ, và JSON. JSON được nhấn mạnh là chuẩn mở của cộng đồng Odyssey, cho phép chia sẻ và thực thi trên nhiều nền tảng. Chức năng "messages" giúp kiểm tra lỗi trong định nghĩa cohort cũng được giới thiệu.

Phần 4: Kết luận: Video kết thúc bằng việc nhắc lại cohort đã tạo và nhấn mạnh tính tái sử dụng của nó trong các phân tích sau này. Người dẫn chương trình khuyến khích người xem tìm hiểu thêm về Atlas và cộng đồng Odyssey.

Tóm lại, video cung cấp một hướng dẫn thực hành chi tiết về cách tạo định nghĩa cohort trên nền tảng Atlas, sử dụng ví dụ cụ thể và giải thích rõ ràng các khái niệm và bước thực hiện. Nó nhấn mạnh tính linh hoạt và khả năng tái sử dụng của các cohort được tạo ra, cũng như khả năng tích hợp với các chuẩn mở trong cộng đồng Odyssey.